A Associação tem a seguinte organização:

Assembléia Geral (órgão soberano em suas decisões)
Diretoria (Presidente, 1º e 2º Vice-Presidente)
Secretaria Executiva (responsável pelos serviços administrativos e atribuições conferidas pela Assembléia Geral, Diretoria ou Presidente)
Conselho Fiscal (Composto de quatro membros efetivos e respectivos suplentes)
Além dos Prefeitos municipais, participam da Assembléia Geral da AMAUC, sem direito a voto, os Presidente das Câmaras de Vereadores dos municípios filiados.