A Secretaria Executiva coordena as atividades desenvolvidas pela associação e executa as ações determinadas pela presidência, diretoria e assembléia geral da Associação. Assessora, ainda, o planejamento das administrações municipais, fornecendo suporte à contabilidade e ao Controle Interno das prefeituras.
Através da Secretaria Executiva da AMAUC, realizam-se trabalhos voltados para Assessoria Contábil e Controle Interno. Assessora os municípios nas áreas de contabilidade pública e na implantação do Sistema de Controle Interno, visando a uniformização das atividades. Coordena as reuniões do Colegiado de Contadores e do Colegiado dos Responsáveis pelo Controle Interno nos municípios.
Movimento Econômico:
O índice de participação dos municípios no Movimento Econômico é que define a distribuição do ICMS arrecadado pelo Estado. O departamento que assessora os municípios tem uma participação importante nessa tarefa. O Movimento Econômico visa incrementar as receitas municipais. Para tanto se acompanha a analise das Declarações de Informações Econômicas e Fiscais (DIEFs) junto à Secretaria de Estado da Fazenda e elabora os recursos necessários.